Toàn quyền Đông Dương Paul Beau là người đề xướng việc cải tổ và cho thành lập Hội đồng Cải cách Học vụ (Conseil de Perfectionnement de l'enseignement indigène) ngày 14 tháng 11 năm 1905 cùng lập Nha Giám đốc Học chính (Direction de l'Enseignement) dưới sự điều hành của Henri Gourdon. Nếu theo đúng kế hoạch thì mỗi làng xã sẽ có một ngôi trường dạy chữ Quốc ngữ để dần loại bỏ chữ Nho. Theo Nha Học chính thì trường sở sẽ chia thành ba cấp:

• Ấu học thì giao cho xã thôn dạy chữ Nho và chữ Quốc ngữ; ai đậu thì gọi là "tuyển sinh."
• Tiểu học thì do phủ, huyện có huấn đạo và giáo thụ đảm trách, tiếp tục dạy chữ Nho và chữ Quốc ngữ và có thể tình nguyện học thêm tiếng Pháp chứ không bắt buộc;
• Trung học thì do quan đốc học ở tỉnh lỵ trông coi và dạy chữ Quốc ngữ và tiếng Pháp. Đây bước đầu của chữ Quốc ngữ trong ngành giáo dục của người Việt.

Chính thức hóa chữ Quốc ngữ, loại dần chữ Nho

Chính quyền cũng theo đuổi việc hợp thức hóa chữ Quốc ngữ cho người Việt bằng cách nâng loại chữ này lên hàng văn tự chính thức ở Nam Kỳ ngay từ năm 1878[5] và Bắc Kỳ kể từ năm 1910.[3] Ngay khoa thi Canh Tuất (1910) triều Duy Tân, sĩ tử đã phải làm bài bằng chữ Quốc ngữ. Đối với chữ Hán thì khoa cử dần bị loại bỏ. Kỳ thi Hương cuối cùng ở Bắc Kỳ là năm 1915. Ở Trung Kỳ đạo dụ của vua Khải Định ngày 26 tháng 11 âm lịch năm Mậu Ngọ (tức ngày 28 tháng 12 năm 1918) chính thức bãi bỏ khoa cử và năm 1919 là năm cuối mở khoa thi ở Huế.[6]

Viện Đại học Đông Dương ra đời

Thay thế vào con đường tiến thân cũ, Toàn quyền Paul Beau cũng cho lập Viện Đại học Đông Dương ở Hà Nội với ba phân khoa: văn chương, luật khoa và khoa học. Ngay năm đầu tiên đã có 94 sinh viên ghi danh theo học nhưng sang năm 1908, nhân có vụ biến động của phong trào kháng thuế ở Quảng Nam rồi lan rộng khắp miền Trung, Viện Đại học phải bãi khóa. Toàn quyền Antony Wladislas Klobukowski cũng cho giải thể Nha Học chính.[7] Tình hình giáo dục ở những thập niên đó bị cách đoạn.